Prototype

Протагонист игры — молодой человек Алекс Мерсер. Он приходит в себя в морге в штаб-квартире корпорации «Гентек», расположенной на Манхэттене, в тот момент, когда его пытаются вскрыть. Сбежав из здания, чему пытаются помешать наёмники организации Чёрный Дозор (англ. Blackwatch), Алекс обнаруживает у себя сверхчеловеческие способности, такие, как практическая неуязвимость к пулям, способность высоко прыгать, метать тяжёлые предметы, бегать по стенам зданий и «поглощать» людей, принимая их облик и «видя» их важные воспоминания. Так же у него есть способность мутировать — трансформировать своё тело, тем самым превращая свои руки в смертоносное оружие, защищающий от любого урона щит и броня.

После поглощения одного из командиров «Чёрного Дозора», Алекс вспоминает, что у него есть сестра — Дана, и отправляется к ней. Дана рассказывает, что он работал в «Гентек» и был главой отдела, изучавшего биологическое оружие. Алекс оставляет Дану искать информацию о «Гентек», а сам отправляется в свою квартиру, но «Черный Дозор» взрывает её. Расправившись с военными, Мерсер поглощает их командира и узнаёт, что у него была девушка — Карен Паркер. Тем временем по городу распространяется неизвестный вирус, превращающий население в агрессивных зомби. Дана узнаёт, что у проекта «Черный Свет» (англ. Blacklight), над которым работал Алекс, была главная подопытная — Элизабет Грин, всё ещё содержащаяся в здании «Гентек». Мерсер освобождает её, но та сбегает и берёт под контроль армию заражённых.